２才の子供が反対咬合です。半年くらい歯を後ろから押していますが、治りません。矯正は顎関節症になることがあると聞いて不安になりました。アドバイスをお願いします。

まず、反対咬合の部位ですが２才から考えるとおそらく前歯のことでしょうか。これを後ろから押すと書いてありますが、歯だけの反対咬合なのか、上下の顎の大きさから反対咬合なのかで矯正期間の半年間が長いかどうかも変わってきます。上下の顎のアンバランスの場合ですと、長期的に必要かもしれません。
顎関節症に関しては矯正治療により起こることもありますが、顎関節がこれから他の骨と同様に成長変形していきますので成人の矯正治療よりは顎関節症は一般的に少ないと思われます。
不安になってるのであれば、矯正治療開始してから現在までの変化とこれからの治療予測、治療期間などもう一度詳しく担当医にお聞きになったらよろしいかと思います。