左上3番の永久歯が出てきません。現在通院中の歯科医師によると「乳歯がなかなか抜けず、出る場所を探して90度回転してしまった為」という事でした。この場合、どのような治療になるのでしょうか？

永久歯がなかなか出てこないということですが、萌出スペースの不足や乳歯の晩期残存が考えられます。
お口の中を拝見しておりませんので詳しく状況がわかりかねますが、現在通院している先生に対処していただくといいのではないでしょうか？
乳歯の晩期残存であれば乳犬歯を抜歯していく。スペース不足なら顎（あご）の拡大を含めて矯正歯科治療の相談をすることになるかと思います。出る場所をさがして回転しているということは、かなり下の方へ出てきているということでしょうからいずれにしても早い処置が必要かと思います。