9歳の息子が矯正が必要と言われました。上の歯は、前歯の隣りが内側に生えてきました。 問題は下の歯です。前歯2本に永久歯がなく、その歯をどうするかです。 残して矯正するか、それとも抜いて隣りの歯を前歯にするかだそうです。 永久歯がない場合は、どういう治療がいいのですか？

問題は2点ありますね。
1.下顎前歯が2本先天性欠如（生まれ持って永久歯がない）
2.上顎前歯が叢生（でこぼこの歯並びである）
です。
一見すると問題が倍なのですが、ともすればラッキーかもしれません。 『上の歯は、前歯の隣りが内側に生えて』きた場合は、単にその2本だけが口蓋側（咽に近いほう）に傾斜して萌えてきた場合もないではないですが、その多くは顎の骨（歯槽基底）に対して並ぶべき歯の横幅の総計が多い場合がほとんどです。
そうした場合には通常前から数えて4番目の歯を上下左右で合計4本抜かないと矯正治療ができないことになります。
　 お子さんは、下顎の前歯が2本足りないので、通常4本抜くところを、2本抜くだけで矯正治療ができる事も考えられます。うまくいけば「災い転じて福となす」ことができるかもしれません。
精密な検査をみないと上記の事も何とも言えないのですが、「日本矯正歯科学会認定医」の先生か、あるいは「日本臨床矯正歯科医会」の先生に診てもらって下さい。