13歳の子どもが3年間矯正をしていますが、装置があたり口の中に傷ができ、食べ物がしみたり等困っています。あたる箇所に粘土みたいな物を被せてこれまで我慢してきましたが、こんなに口の中が傷つくものなのでしょうか？病院では、「治せる箇所は直すけど、出来ない箇所は我慢してもらうしかない。」と言われ続けています。子どもが可哀そうで転院を考えています。アドバイスをお願いします。

3年間は少し長いですね。大体3ヶ月もするとなれてきます。また口の中に傷がつくというのはほんの少しのことでもおきます。長い間このことに悩んでいるとすると先生との間のコミニュケーションはいかがでしょうか？お互いに取れていないということはないでしょうか？
すこしスイッチを入れ替えてみて、一体どういう状況で痛いのか、どこがひっかるのかをよく観察してみてください。本当にしかたないものなのか、お母さんなりに冷静になってお子さんの口の中を見てあげてください。犯人となっている装置が見えてくるはずです。
矯正医の立場からすると同じことをしても痛がりかたはかなりの違いがあります。たとえば唇の筋肉の緊張が強い場合など普通ではおきないような傷や後がつくことがあります。それ以外にも左右同じ処置と同じ装置でもどちらかの側が痛いという場合も多くあります。まずは場所を特定してください。そしてここがひっかかるといったように具体的に示すべきです。
本当にしょうがない場所ならお母様もお子様も納得されるはずです。必ず解決がつきます。